19 июня 1969 года образовано Министерство строительства и эксплуатации автомобильных дорог РСФСР, переименованное Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 22 июня 1979 года в Министерство автомобильных дорог РСФСР (Минавтодор РСФСР). Многие дорожники относят этот день к одной из самых памятных дат в истории дорожной отрасли.  Первый министр Алексей Александрович Николаев занимал этот пост до 1985 года.

Минавтодор РСФСР в своей структуре имел Главное управление общегосударственных дорог (Гушосдор), Главное управление республиканских и местных автомобильных дорог (Главдорупр), Республиканское объединение (на правах главного управления) по строительству автомобильных дорог и мостов (Росдорстрой). Такая структура на первоначальном этапе соответствовала задачам, стоявшим перед отраслью, и органично увязывалась с уже существовавшей системой среднего звена управления.

Гушосдор в первые годы деятельности Минавтодора РСФСР руководил управлениями автомобильных дорог общегосударственного значения. Главдорупр объединял региональные управления строительства и ремонта автомобильных дорог, обслуживавших республиканские, областные и местные дороги. Оба главка организовывали и контролировали ход выполнения работ на закрепленных за ними дорогах. Росдорстрой имел в подчинении дорожно-строительные тресты, занимавшиеся только строительством, реконструкцией и капитальным ремонтом дорог.

В декабре 1972 года была проведена реорганизация структуры управления дорожным хозяйством. В составе центрального аппарата министерства появились три новых главка – главные управления строительства и эксплуатации автомобильных дорог Центра, Юга, Сибири и Дальнего Востока (Главдорцентр, Главдорюг и Главдорвосток). Чрезмерная централизация управления дорожной отраслью вредила делу. Главдорупр уже не владел ситуацией и не мог руководить своими подразделениями, разбросанными по всей территории страны. Во вновь образованные главки Минавтодора вошли строительные подразделения, подчиненные на местах единым Проектно-ремонтно-строительным управлениям.

В 1970-е годы была проведена реорганизация и низового звена системы управления дорожной отраслью. На дорогах вместо дорожно-эксплуатационных участков и дорожно-строительных районов создавались новые подразделения – дорожные ремонтно-строительные управления (ДРСУ). ДРСУ имели участки капитального и среднего ремонта, а также текущего ремонта и содержания автомобильных дорог. Каждый участок располагал собственными производственными ресурсами. Прорабские участки текущего ремонта и содержания дорог состояли из 2–4 участков мастеров, в состав которых входили специализированные звенья по текущему ремонту и содержанию обстановки пути, земляного полотна, автопавильонов и автобусных остановок, по озеленению. Для технического обслуживания механизмов в ДРСУ были созданы участки механизации.

Новая реорганизация структуры управления дорожной отраслью была проведена в конце 1978 года. В области строительства и содержания автомобильных дорог вводилась трехзвенная система управления: министерство – республиканское объединение – автомобильная дорога, предприятие, организация. Исключение составляло мостостроение. Здесь действовала двухзвенная система управления: министерство – производственное объединение. По новой схеме основными производственными звеньями стали производственные управления, производственные объединения, автомобильные дороги, управления строительства, промышленные предприятия.

Последняя реорганизация структуры управления дорожным хозяйством прошла в период «перестройки» –  в 1987 году, когда министром автомобильных дорог России был Валентин Андреевич Брухнов. Основными функциональными управлениями Минавтодора РСФСР стали Главное управление развития автомобильных дорог (Главдорупр), главные управления по строительству и эксплуатации автомобильных дорог общегосударственного значения (Главмагистраль) и дорог Нечерноземной зоны (Главнечерноземавтодор), а также ряд других. Это преобразование было продиктовано не внутриведомственными требованиями, а общей перестройкой управления экономикой, свертыванием централизованного управления. В декабре 1987 года на базе региональных управлений строительства и эксплуатации автомобильных дорог с входящими в их состав проектно-сметными конторами, дорожно-строительными, мостостроительными и дорожными ремонтно-строительными управлениями, промышленными предприятиями были образованы Проектно-ремонтно-строительные объединения автомобильных дорог (ПРСО).

В середине 1990 года Минавтодор РСФСР был упразднен в числе других двадцати республиканских министерств и ведомств. В последующие годы структура управления отраслью претерпевала изменения с периодичностью почти в 2 года, а то и в год. В этот период отраслью руководили: с 1990 г. по 1992 г. – Геннадий Иванович Донцов (Президент Российского государственного концерна «Росавтодор»); с 1992 г. по 1994 г. – Николай Иванович Голованов (Генеральный директор Федерального Дорожного департамента Министерства транспорта России); с 1994 г. по 1996 г. – Анатолий Павлович Насонов (в ранге первого заместителя Министра).

В 1996 г. Указом Президента РФ «О совершенствовании системы государственного управления транспортным комплексом в Российской Федерации» была образована Федеральная автомобильно-дорожная служба России (ФАДС России), и в соответствии с постановлением Правительства РФ являлась правопреемником Федерального дорожного департамента и Департамента автомобильного транспорта Министерства транспорта Российской Федерации.

Указом Президента Российской Федерации от 14 августа 1996 г. Федеральная автомобильно-дорожная служба России упразднена, и её функции переданы Министерству транспорта Российской Федерации.

В соответствии с постановлением Правительстве РФ от 23 ноября 1996 г. № 1409 «Вопросы Министерства транспорта Российской Федерации» приказом Министра транспорта РФ от 6 ноября 1996 г. № 86 в структуре Министерства транспорта Российской Федерации был создан отраслевой блок, включающий в себя: Дорожный департамент, Департамент автотранспорта, Департамент регулирования и развития автодорожной отрасли, Управление городского электротранспорта, Организационно-хозяйственное управление.

В 1997 году в соответствии с Указом Президента Российской Федерации «О дорожной реформе» отраслевой блок преобразован в Федеральную дорожную службу России, которая выполняет все функции по управлению дорожным хозяйством. Руководителем службы назначается Виталий Григорьевич Артюхов. Это и исполнительные функции, и разрешительные, и контрольные. Кроме того, сформировано четкое определение дорожного хозяйства, как единого комплекса – это автомобильные дороги общего пользования Российской Федерации, юридические и физические лица, осуществляющие обследования, изыскания, проектирование, строительство, реконструкцию, ремонт и содержание автомобильных дорог общего пользования, проведение научных исследований, подготовку кадров, изготовление и  ремонт дорожной техники, добычу и переработку нерудных материалов и иную деятельность, связанную со строительством, реконструкцией, ремонтом и содержанием автомобильных дорог.

Правопреемником Федеральной дорожной службы России стало Российское дорожное агентство (Росавтодор) (в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 25 мая 1999 года № 651 «О структуре федеральных органов исполнительной власти»). Следует отметить, что с изменением наименования органа, основные его задачи остались прежними.

Российское дорожное агентство являлось федеральным органом исполнительной власти, осуществляло оперативное управление средствами Федерального дорожного фонда и обеспечивало их целевое и эффективное использование. Оно выполняло функции государственного заказчика по объектам строительства, реконструкции, ремонта и содержания автомобильных дорог, организовывало работу по конкурсному размещению заказов более чем на 1,5 тысячах объектах, решало вопросы по закупке основных материалов, необходимых для обеспечения содержания федеральных автомобильных дорог и дорожной техники.

Российское дорожное агентство управляло дорожным хозяйством в тесном сотрудничестве с министерствами, ведомствами и администрациями субъектов Российской Федерации, территориальными органами управления автомобильными дорогами и общественными организациями.

В 2000 году в России вновь происходят изменения в структуре управления, в том числе и дорожным хозяйством. С выходом Указа Президента Российской Федерации от 17 мая 2000 г. № 867 "О структуре федеральных органов исполнительной власти", постановления Правительства РФ № 1038 от 30 декабря "Об утверждении Положения о Министерстве транспорта Российской Федерации" федеральным органом исполнительной власти, проводящим государственную политику и осуществляющим управление в области транспортного комплекса (включая гражданскую авиацию, морской, внутренний водный, автомобильный, городской электрический, промышленный и дорожное хозяйство) является Министерство транспорта Российской Федерации. Возглавляет Министерство Сергей Оттович Франк. А федеральным органом управления по проведению государственной дорожной политики в области развития национальной дорожной сети и финансирования дорожных работ является Государственная служба дорожного хозяйства Министерства транспорта РФ (Росавтодор) (в соответствии с постановлением Правительства РФ от 25 июля 2000 г. № 560), которую возглавляли: 2000-2001 гг. – Виталий Григорьевич Артюхов (первый заместитель Министра транспорта РФ, руководитель Государственной службы дорожного хозяйства), 2001-2004 гг. – Игорь Николаевич Слюняев (первый заместитель министра транспорта РФ, руководитель Государственной службы дорожного хозяйства).

Основными задачами службы являлись: разработка стратегии развития дорожного хозяйства в России; управление и развитие сети федеральных автомобильных дорог общего пользования, улучшение транспортно-эксплуатационного состояния автомобильных дорог общего пользования; осуществление контроля и надзора за целевым использованием федерального имущества и средств федерального бюджета, направляемых на финансирование дорожного хозяйства, а также соблюдением технологии и качеством выполнения дорожных работ, соответствием их действующим стандартам экологической безопасности; проведение единой экономической, научно-технической, инновационной, инвестиционной, кадровой, социальной и внешнеэкономической политики в дорожном хозяйстве; координация развития сети автомобильных дорог общего пользования Российской Федерации во взаимодействии с федеральными органами исполнительной власти и органами законодательной и исполнительной власти субъектов Российской Федерации; формирование и совершенствование нормативной правовой базы, форм и методов управления и регулирования деятельности дорожного хозяйства; обеспечение проведения структурной перестройки в дорожном хозяйстве; укрепление и развитие внешнеэкономических и научно-технических связей с государственными и международными организациями в области дорожного хозяйства, осуществление во взаимодействии с другими отраслевыми блоками и структурными подразделениями Министерства деятельности по формированию международных транспортных коридоров и интеграции отечественной автодорожной инфраструктуры в мировую.

Федеральное дорожное агентство Министерства транспорта Российской Федерации образовано в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 года № 314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти". Одним из руководителей был Белозеров Олег Валентинович (2004-2008 гг.).

Указом Президента Российской Федерации от 12 мая 2008 года «Вопросы системы и структуры федеральных органов исполнительной власти», в целях формирования эффективной системы и структуры федеральных органов исполнительной власти, в соответствии со статьей 112 Конституции Российской Федерации и Федеральным конституционным законом от 17 декабря 1997 г. № 2-ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» утверждена структура федеральных органов исполнительной власти, в состав которой вошло Федеральное дорожное агентство. Распоряжением от 17 марта 2009 г. № 330-р Председателя Правительства Российской Федерации Владимира Путина руководителем Федерального дорожного агентства назначен Анатолий Михайлович Чабунин.